Es la base del propio Museo y la más numerosa, iniciada por Mn. Aguiló tiene su origen en las excavaciones que él realizaba y el material que algunos vecinos de Manacor encontraban labrando sus campos. Esta colección se puede dividir en 5 secciones diferentes:
El museo tiene la más importante colección de mosaicos de las Islas Baleares. En el año 2001 este conjunto de mosaicos junto con la Colección Mn. Aguiló fue declarada Bien de Interés Cultural. Una de las piezas más importantes es el mosaico de Bàleria, en el cual se combina la epigrafía latina con la decoración geométrica y figurada.
Engloba materiales cerámicos que provienen de diferentes yacimientos del término municipal de Manacor y que abarca todas las épocas desde la prehistoria hasta la época moderna.
Está estudiada y catalogado por la numismática Dra. Teresa Marot. Muchas de estas monedas son fruto de diferentes aportaciones hechas por particulares durante toda la segunda mitad del siglo XX, además de las monedas pertenecientes a la colección Mn. Aguiló. Actualmente este sección se va incrementando anualmente por las excavaciones arqueológicas realizadas en el término municipal de Manacor.
Los objetos de metal también abarcan desde época prehistórica hasta la actualidad, de esta sección destacaremos los objetos metálicos prehistóricos de la cueva de Rafal de Son Servera, objetos encontrados en el fondo submarino de Porto Cristo y objetos procedentes de la basílica de Son Peretó.
Formada por piezas que abarcan desde época romana hasta la actualidad. Una de la piezas más conocidas es el dios Baco que se encuentra expuesto en la sala romana. De época medieval tenemos una capilla esculpida en piedra, se trata de la Virgen María, san Antonio y el arcángel san Miguel, rodeadas por unas columnas con capitel de tradición gótica.