És l’arrel del propi Museu d’Història de Manacor i la col·lecció més nombrosa, iniciada per Mn. Aguiló. Té el seu origen en les excavacions que realitzava Mn. Aguiló i en material que alguns veïns de Manacor trobaven llaurant les terres.
Aquesta col·lecció es pot dividir en 5 seccions diferents:
El Museu té la col·lecció de mosaics més important de les Illes Balears. L’any 2001 aquest conjunt de mosaics juntament amb la col·lecció de Mn. Aguiló varen ser declarat bé d’interès cultural. Una de les peces més importants de la col·lecció és el mosaic de na Balèria, en el qual es combina l’epigrafia llatina amb la decoració geomètrica i figurada.
Engloba materials ceràmics provinents de diferents jaciments del terme municipal i que abasten totes les èpoques, des de la prehistòria fins a l’època moderna.
Està estudiada i catalogada per la numismàtica Dra. Teresa Marot. Moltes monedes d’aquesta col·lecció provenen de diferents aportacions fetes per particulars durant la segona meitat del segle xx, i també n’hi ha de la col·lecció de Mn. Aguiló. Actualment, aquesta col·lecció s’incrementa cada any gràcies a les excavacions arqueològiques realitzades en el terme municipal de Manacor.
Els objectes de metall abasten des de l’època prehistòrica fins a l’actualitat. D’aquesta col·lecció destaquen tots els objectes metàl·lics prehistòrics de la cova des Rafal de Son Servera, objectes trobats en el fons submarí de Porto Cristo (claus de vaixell i monedes), objectes procedents de la basílica de Son Peretó, etc.
Està formada per peces que abasten des de l’època romana fins a l’actualitat. Una de les peces més conegudes és el bust del déu Baco, localitzat a Son Mas i que es troba exposat a la sala romana. D’època medieval, tenim una capella esculpida en pedra que es trobava a sa Bassa. Es tracta de les figures d’una marededeu, un sant Antoni i un arcàngel de sant Miquel, envoltades per unes columnes amb capitell de tradició gòtica. Ja d’època moderna, de 1917, tenim unes figures de pagesos que representen les quatre estacions i que es trobaven a la font des Barracar de Manacor.