L’origen del fons del Museu s’inicia l’any 1926 amb la donació de la col·lecció arqueològica de Mn. Aguiló que en fan els seus hereus a l’Ajuntament de Manacor.
En els anys 60 aquesta col·lecció es va anar ampliant mitjançant donacions, de les quals no queda gaire constància documental. Durant aquest període gran part del material que va entrar en els fons del Museu era de tipus etnogràfic i relacionat amb el treball del camp i els utensilis de cuina antics. A més, en els últims anys la col·lecció s’ha anat ampliant amb material industrial provinent de tallers i fàbriques de Manacor, que en constituïen el teixit industrial.
Les tres grans col·leccions que constitueixen els nostre fons són: la col·lecció d’arqueologia, la col·lecció d’etnografia i la col·lecció d’arqueologia industrial.