El Museo de Historia de Manacor tiene vocación investigadora, desde la propia institución se gestionan tres yacimientos arqueológicos: s'Hospitalet Vell, sa Ferradura y Son Peretó.
En estos yacimiento se desarrollan campañas de excavación anuales y el Museo es la institución donde quedan custodiados todos los materiales arqueológicos para su posterior inventario y catalogación.
