El Museu d'Història de Manacor té vocació investigadora, des de la pròpia institució es gestionen tres jaciments arqueològics: s'Hospitalet Vell, sa Ferradura i Són Peretó.
En aquests jaciments es desenvolupen campanyes d'excavació anuals i el Museu és la institució on queden custodiats tots els materials arqueològics per al seu posterior inventari i catalogació.
