El Museu d’Història de Manacor originàriament es coneixia com a Museu Arqueològic de Manacor ja que la formació del museu parteix de la donació de la col·lecció arqueològica de Mn. Aguiló, el descobridor de la basílica de Son Peretó.
Malgrat aquesta concepció inicial, el Museu ha canviat de filosofia en els últims anys a causa de l’estudi de les seves col·leccions, que varen obrir la possibilitat de convertir-lo en un veritable Museu d’Història on poder conèixer les diferents èpoques històriques que s’han esdevingut a Manacor i a la comarca de Llevant en general.
Els orígens del Museu d’Història de Manacor se situen al 1908, quan mossèn Joan Aguiló i Pinya descobreix la basílica paleocristiana i el conjunt de Son Peretó. El prevere cedeix les seves troballes i els terrenys de Son Peretó a l’Ajuntament de Manacor i la col·lecció, que estava exposada a la Rectoria, coneguda com el museu Aguiló, passa al museu municipal de la torre de ses Puntes, inaugurat el 1926.
El canvi polític del 1931 suposà un cop per al museu municipal, al qual l’Ajuntament considerava com un homenatge a la religió catòlica. Se n’arribà a proposar l’enderrocament juntament amb tots els seus fons per tal de construir-hi una escola graduada, però finalment s’optà per traslladar-lo al primer pis del claustre del convent del dominics de Manacor. Amb el trasllat hi hagué moltes pèrdues, no totes documentades, com per exemple part del monetari, i en altres casos es registraren desperfectes de consideració.
Acabada la guerra civil, els mosaics i la resta d’objectes són emmagatzemats en la dependència parroquial que s’obri entre les places del Palau i des Cós, i allà romanen tancades amb pany i clau fins al 1951, quan s’inaugura el Museu arqueològic ubicat en la rehabilitada escola de nines molt propera a l’antic edifici i situada al centre de Manacor.
El 1985 l’Ajuntament de Manacor adquireix la torre dels Enagistes. Després d’importants tasques de restauració i rehabilitació per tal de retornar-li l’aspecte gòtic originari i de condicionar-la per al nou ús, s’hi instal·la el Museu d’Història de Manacor.
La torre dels Enagistes té com a origen l’aparició de Pelai Onis a l’alqueria Ancrad del terme de Manacor, just després de la Conquesta, per cessió del comte Nuno Sanç al s. XIII.
L’edifici està format per una sèrie de cossos rectangulars disposats entorn d’un pati, anomenat clastra. Aquests cossos són fruit de les diferents èpoques per les quals ha passat el casal.
La part més coneguda és la del cos gòtic, la torre de dues plantes amb sageteres i coronament de merlets. Són característiques d’aquesta època les finestres coronelles amb festejadors.