Das historische Museum von Manacor war zuvor als archeologisches Museum bekannt. Diese Tatsache verdanken wir dem Entdecker der Basilika von Son Peretó. Er machte eine Schenkung, dei Kollektion Mn. Aguiló, die das neue Museum begründete.
Trotz dieser Anfangsidee, hat das Museum seine Philosophie in den letzten Jahren geändert. Die eigenen Kollektionen eröffneten die Möglichkeit es in ein echtes Geschichtsmuseum zu verwandeln, in welchem man die verschiedenen Epochen der Gegend um und in Manacor kennenlernen kann.
Der Uhrsprung des Geschichtsmuseums Manacors liegt in der Zeit als Mn. Aguiló y Pinya 1908 die paleochristliche Basilika Son Peretó und Umgebung entdeckte. Der Altarraum und das neuentdeckte Gelände wurden dem Rathaus von Manacor übergeben.
Die Kollektion wurde im Rektorat ausgestellt. Im Jahre1926 wurde dieses Museo Mn. Aguilles zum Gemeindemuseum Torre de Ses Puntes. Die politischen Einschläge von 1931 wurden zum Verhängnis für das Museum. Nun wollte die Gemeinde im katolischen Sinne die Gebäude und den Fondus für die Gründung einer Klosterschule nutzen.
Letztendlich konnte man sich dann einigen das Museum in Manacor im 1. Stock des Kreuzganges des Mönchsklosters unterzubringen. Durch den Umzug wurden viele Verlusste eingebüsst. Nicht alle Teile waren dokumentiert, so z. B. ein Teil der Münzsensammlung, andere Teile wurden beschädigt. Am Ende des Zivilkrieges werden die Mosaike und andere Gegenstände im Nebengebäude des Klosters, zwischen der Plaza Palau und del Cos, gelagert und blieben dort bis 1951 verschlossen.
Nun wurde das archeologische Museum in die renovierte Mädchenschule, die sehr nah am alten Gebäude und am Zentrum von Manacor lag verlegt und eingeweit. Im Jahre 1985 erwarb die Gemeinde von Manacor den Turm von Enagistes und nach tiefgreifenden Renovierungsarbeiten, die den ursprünglichen gotischen Stiel wieder zur Geltung brachten, wird nun dort das historische Museum eingerichtet.